UNIDA Gontor dikenal luas sebagai satu-satunya universitas Islam swasta di Indonesia yang sejak berdirinya telah menerapkan bahasa Arab dan bahasa Inggris sebagai bahasa resmi pengantar pembelajaran serta komunikasi. Mahasiswa juga diwajibkan menulis karya ilmiah dan disertasi dalam kedua bahasa tersebut.
Selain itu, UNIDA Gontor menerapkan sistem asrama terpadu, di mana masjid, asrama, ruang kuliah, perpustakaan, laboratorium, fasilitas olahraga, rumah dosen, dan berbagai fasilitas pendukung lainnya berada dalam satu kawasan kampus. Hal ini menciptakan lingkungan yang mendukung pembelajaran intensif serta interaksi yang erat antara mahasiswa dan dosen.
Sistem asrama yang khas ini memiliki potensi besar dalam menanamkan nilai-nilai Islam seperti ukhuwah, keikhlasan, kesederhanaan, toleransi, kemandirian, kepemimpinan, dan lainnya. Melalui sistem pendidikan tinggi yang terpadu ini, UNIDA Gontor dirancang untuk mewujudkan visi dan misinya.