Pendirian program pascasarjana di Universitas Darussalam Gontor merupakan bagian dari visi ideal para pendiri Pondok Modern Darussalam Gontor. Visi para pendiri tersebut secara jelas dinyatakan dalam Piagam Penyerahan Wakaf tahun 1958, bahwa lembaga pendidikan ini harus dikembangkan menjadi universitas yang berkualitas dan bermakna.
Visi tersebut mulai terwujud pada tahun 1963 dengan berdirinya Institut Pendidikan Darussalam, yang kemudian dikenal sebagai Darussalam Institute of Islamic Studies. Namun, hingga wafatnya tiga pendiri Pondok Modern Darussalam Gontor (yang terakhir pada tahun 1985), cita-cita mendirikan universitas dalam arti yang sesungguhnya belum sepenuhnya terwujud.
Langkah menuju pendirian universitas kemudian dilanjutkan oleh generasi kedua, dimulai dengan pembentukan program pascasarjana pada tahun 2010 dan dilanjutkan dengan perubahan institut menjadi universitas pada tahun 2014.
Visi kami adalah menjadi pusat keunggulan dalam kajian Islam yang berkaitan dengan program Islamisasi ilmu pengetahuan.